Departament Kontroli
Tworzy go elitarny zespół kontrolerów - biegłych rewidentów, z misją i pasją do podnoszenia rangi zawodu poprzez dążenie do najwyższej jakości wykonywanych usług przez firmy audytorskie. Odpowiada za zadania związane z kontrolą firm audytorskich oraz monitorowaniem i weryfikacją realizacji zaleceń pokontrolnych.
Departament Nadzoru nad Samorządem Zawodowym i Firmami Audytorskimi
Realizuje zadania związane z prowadzeniem listy firm audytorskich, sprawozdawczością firm audytorskich oraz prowadzeniem postępowań dotyczących wpisów albo skreśleń jednostek audytorskich pochodzących z państw trzecich.
Departament Postępowań Dyscyplinarnych, Administracyjnych oraz Obsługi Prawnej
Odpowiada za zapewnienie obsługi prawnej działań prowadzonych przez Agencję, realizuje zadania związane z prowadzeniem postępowań dyscyplinarnych, administracyjnych lub egzekucyjnych.
Departament Strategii i Współpracy Międzynarodowej
Realizuje zadania związane z zapewnieniem warunków do współpracy Agencji z instytucjami krajowymi i międzynarodowymi, w zakresie spraw dotyczących nadzoru publicznego i standardów.
Biuro Prezesa
Zapewnia warunki działania i funkcjonowania Agencji w obszarze organizacji, zamówień publicznych, obsługi finansowej i księgowej. Odpowiada za zarządzanie zasobami ludzkimi i realizację obowiązków pracodawcy w obszarze prawa pracy, prowadzi rekrutacje, kształtuje politykę wynagrodzeń. Wykonuje zadania związane z działalnością edukacyjną, promocyjną, komunikacyjną i informacyjną.